明清以來(lái)，封崇寺歷經(jīng)幾次戰(zhàn)火損壞，最嚴(yán)重的一次產(chǎn)生在太平天國(guó)攻占南京期間，住持炳炎不肯向太平軍屈服，一把火幾乎將封崇寺燒光，自己也同時(shí)殉難。同治年間，封崇寺才得以重修。盡管如此，封崇寺一直都是南京城南名氣遠(yuǎn)播的名剎古寺，每年的“臘八節(jié)”，封崇寺僧人化緣施粥，接濟(jì)百姓，一直傳為美談。

　　1945 年，因?yàn)樗轮挟a(chǎn)生過(guò)一次火災(zāi)，由于周?chē)�都是窄街陋巷，救火�?chē)沒(méi)措施進(jìn)來(lái)，以致封崇寺寺建筑付之一炬，只剩下了這一點(diǎn)殘跡。2005年，記者曾經(jīng)尋訪(fǎng)過(guò)封崇寺遺址，當(dāng)時(shí)只找到了寺內(nèi)二進(jìn)旁殿僧房和兩棵古松樹(shù)，保存在下崗工人王建寧創(chuàng)辦的一座老年公寓里。即便這一點(diǎn)遺跡，在2006年的拆遷中，也令人遺憾地已經(jīng)完整消散。

　　業(yè)內(nèi)人士告訴記者，如果這次考古隊(duì)員找到的真的是封崇寺，那應(yīng)當(dāng)是封崇寺早期遺址，這對(duì)于研究南京佛寺歷史將具有重要價(jià)值。而宋代古寺遺址上為何有六朝磚井，這個(gè)謎團(tuán)也有待考古人員解謎。