彭劍2005年開始做方舟子的律師，他說，“方舟子的社交圈子其實(shí)很窄，和人交往主要出于公事，他幾乎沒有多少私交的朋友，春節(jié)，假如能收到方舟子寄來的用女兒照片制成的賀年卡，即表明他認(rèn)同你是朋友了。”顯然，彭劍是為數(shù)不多收到過賀卡的人。
“方舟子10年打假，把該得罪的人全都得罪了�！迸韯Ω锌卣f，“方舟子是中國樹敵最多的人。”
“方舟子為了科學(xué)不要朋友”
44歲的劉華杰是北京大學(xué)哲學(xué)系教授，是國內(nèi)最早接觸方舟子的人之一。1999年前后，劉華杰、江曉原等一批青年知識(shí)分子組成的學(xué)術(shù)圈子，熱情地把方舟子介紹給國內(nèi)讀者。但是現(xiàn)在，他們形同水火。
聞聽方舟子被襲，劉華杰說，“打人肯定不對，就像罵人不對一樣。但是說句俏皮話，從保護(hù)生物多樣性的角度，方舟子也應(yīng)該保護(hù)。這種人太少了。”言語間的“刻薄”顯示，雙方有過極深的裂痕。
1994年，方舟子在美國創(chuàng)辦了世界第一份中文網(wǎng)路文學(xué)讀物《新語絲》，開始網(wǎng)絡(luò)寫作。2000年前后，劉華杰、江曉原、劉兵、田松等京滬科學(xué)人文領(lǐng)域的青年學(xué)者，注意到了活躍在海外互聯(lián)網(wǎng)上的方舟子，“他有生物背景，文筆也不錯(cuò)，批學(xué)術(shù)腐敗、批偽科學(xué)，當(dāng)時(shí)我們都很欣賞他，甚至可以說喜歡他�！北睅煷蟾苯淌谔锼烧f。
1999年，劉華杰在網(wǎng)上采訪了方舟子，文章發(fā)表在科學(xué)時(shí)報(bào)。屬于較早推介方舟子的文章。
江曉原當(dāng)年為方舟子的《潰瘍——直面中國的學(xué)術(shù)腐敗》一書寫序，將方稱為快意恩仇的“少俠”。方舟子當(dāng)仁不讓，“這個(gè)稱呼比較對我口味”。
田松認(rèn)為，方舟子一直有過去時(shí)代特有的那種英雄主義和理想主義情結(jié)，一如《天龍八部》的慕容復(fù)，有領(lǐng)袖欲。
方舟子有生物學(xué)背景，對人文和科學(xué)問題感興趣，他們認(rèn)為方加入這個(gè)圈子，學(xué)術(shù)上能起到互補(bǔ)。但實(shí)際雙方并沒有一拍即合。
劉華杰說，從最初惺惺相惜，到后期分道揚(yáng)鑣是多種因素促成的�！斑^去的很多事說不清楚，有很些是雞毛蒜皮的小事�！�
國內(nèi)資深的科普作者陶世龍回憶，方舟子和劉華杰等人的分歧，根本原因是學(xué)術(shù)的爭議。
導(dǎo)火索之一，2001年一次“科普圖書獎(jiǎng)”評比中，清華大學(xué)教授劉兵推薦了一本《美夢還是噩夢》，方舟子給每個(gè)評委寫信，說明這本書的作者并非權(quán)威，而是一本站在反科學(xué)兼?zhèn)慰茖W(xué)立場攻擊遺傳工程的著作。此事引發(fā)了方舟子和劉兵及其學(xué)生的論戰(zhàn)，后期劉華杰、田松等人也加入到對方舟子的口誅筆伐。方舟子稱對方為“反科學(xué)文化人”，指責(zé)劉華杰搞匿名攻擊，“由反偽科學(xué)走向反科學(xué)”。而劉華杰等人稱方舟子用科學(xué)的帽子打壓人。一場混戰(zhàn)之后，雙方就此別過。
劉華杰稱，“現(xiàn)在朋友之間看法不一樣的多的是！但是為什么我們之間沒有翻臉，為什么大家都跟他翻臉了？作為一家之言完全可以講，但如果方舟子以科學(xué)的名義，認(rèn)為只有他的東西是對的，好像真理在握，那就不行了�！�
方舟子否認(rèn)自己是一個(gè)科學(xué)主義者，強(qiáng)調(diào)：“在中國現(xiàn)在最缺的是科學(xué)，而不是科學(xué)太多了。我們在需要用到科學(xué)的地方，就要講科學(xué)�，F(xiàn)在中國的問題是，在必須講科學(xué)的地方，他不講科學(xué)，你跟他講科學(xué)，講道理，他就指責(zé)你是科學(xué)主義。”
劉華杰說：“開始我和方舟子一樣，對偽科學(xué)恨之入骨，也是批斗打，很多人找我算賬�，F(xiàn)在回頭看，這么解決不是辦法。這個(gè)社會(huì)是不健康，不然為什么騙子都打著科學(xué)的旗號(hào)？邪教、迷信，都貼科學(xué)這個(gè)詞。而方舟子，必須捍衛(wèi)科學(xué)這個(gè)詞�！薄坝袥]有科學(xué)依據(jù)”，成為方舟子日后打假的一個(gè)支點(diǎn)，也成為他為人詬病“一棍子打死”的罪證。
這場爭論僅限于文人式的筆伐。劉華杰等人和方舟子從沒有發(fā)生面對面的爭吵，“大家見面還不會(huì)吵。方舟子結(jié)婚的時(shí)候我也去了”。
論戰(zhàn)中方舟子顯露出的逼人氣勢讓劉華杰記憶深刻，“你見到他本人感覺一點(diǎn)也不強(qiáng)勢，但是文章則鋒芒畢露。為了真理完全不顧朋友。我說他不了解社會(huì)，一直生活在網(wǎng)絡(luò)上。因?yàn)樘摂M世界不需要朋友。方不在現(xiàn)實(shí)中生活，常常一個(gè)人，像匿名發(fā)帖一樣，覺得有沒有朋友無所謂，方舟子應(yīng)該是網(wǎng)絡(luò)的犧牲品！比如咱們是朋友，不能因?yàn)榭茖W(xué)問題不要朋友了。但是方舟子能夠?yàn)榱丝茖W(xué)不要朋友。 ”
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